Η ΕΕ δαπανά περί τα 150 δισεκατομμύρια ευρώ κατ’ έτος στο σύνολο των κρατών-μελών. Ο προϋπολογισμός της ΕΕ ισοδυναμεί με το 1% περίπου του ΑΕΠ των κρατών-μελών της ΕΕ – της συνολικής αξίας των υπηρεσιών και αγαθών που παράγονται στην ΕΕ. 

Ο προϋπολογισμός της ΕΕ χρηματοδοτείται από τρεις βασικές πηγές:

•  τους δασμούς στις εισαγωγές από χώρες εκτός ΕΕ και τη φορολογία της ζάχαρης, γνωστά και ως «παραδοσιακοί ίδιοι πόροι»
• σταθερό ποσοστό επί του εναρμονισμένου στα κράτη-μέλη της ΕΕ φόρου προστιθέμενης αξίας (ΦΠΑ).
• τις εισφορές των κρατών-μελών, που υπολογίζονται βάσει του ακαθάριστου εθνικού εισοδήματος κάθε κράτους-μέλους.

Μολονότι ο προϋπολογισμός της ΕΕ εγκρίνεται κάθε χρόνο, η ψήφιση αυτή εντάσσεται σε ένα πλαίσιο μιας περισσότερο  μακροπρόθεσμης στρατηγικής προσέγγισης γνωστής ως «Πολυετές δημοσιονομικό πλαίσιο» (ΠΔΠ). Το Πολυετές δημοσιονομικό πλαίσιο καθορίζει ανώτατο όριο για κάθε ευρεία κατηγορία δαπανών για μια σαφώς προσδιορισμένη χρονική περίοδο (ορισμένα χρόνια). 

Οι βασικές προτεραιότητες του Πολυετούς δημοσιονομικού πλαισίου 2007-2013[en] ήταν:

1. Βιώσιμη ανάπτυξη: ανταγωνιστικότητα και συνοχή για την οικονομική μεγέθυνση και ανάπτυξη
2. Διατήρηση και διαχείριση των φυσικών πόρων: κοινή γεωργική πολιτική και πολιτική αλιείας, αγροτική ανάπτυξη και περιβαλλοντικά μέτρα
3. Υπηκοότητα, ελευθερία, ασφάλεια και δικαιοσύνη: δικαιοσύνη και εσωτερικές υποθέσεις, προστασία συνόρων, πολιτική μετανάστευσης και ασύλου, δημόσια υγεία, προστασία του καταναλωτή, πολιτισμός, νεολαία, ενημέρωση και διάλογος με τους πολίτες.
4. Η ΕΕ ως παγκόσμιος παίκτης: η εξωτερική δράση («εξωτερική πολιτική») της ΕΕ
5. Διοίκηση: οι διοικητικές δαπάνες των ευρωπαϊκών θεσμικών οργάνων, συντάξεις και ευρωπαϊκά σχολεία για τα παιδιά του προσωπικού
6. Αποζημιώσεις: αντισταθμιστικές πληρωμές που σχετίζονται με την τελευταία διεύρυνση της ΕΕ

Πηγή: European Commission

Στις 27 Ιουνίου 2013, η Ιρλανδική Προεδρία του Συμβουλίου της ΕΕ, οι διαπραγματευτές του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου και η Ευρωπαϊκή Επιτροπή ολοκλήρωσαν τις διαπραγματεύσεις επί του δημοσιονομικού πλαισίου 2014-2020. Στην ομιλία του σχετικά με την κατάσταση της Ένωσης το 2013, ο Πρόεδρος  Barroso υπογράμμισε τον σημαίνοντα ρόλο του προϋπολογισμού της ΕΕ και τα επόμενα βήματα για την έγκριση του ΠΔΠ 2014-2020, που θα επικεντρωθεί σε δύο βασικές προτεραιότητες: την απασχόληση και την ανάπτυξη.

Με βάση το Πολυετές Δημοσιονομικό Πλαίσιο, η Ευρωπαϊκή Επιτροπή καταρτίζει σχέδιο προϋπολογισμού[en] και το υποβάλλει προς έγκριση στο Συμβούλιο και το Κοινοβούλιο. Η αρμόδια για τον προϋπολογισμό Αρχή, που αποτελείται από το Συμβούλιο και το Ευρωκοινοβούλιο, τροποποιεί και εγκρίνει το σχέδιο του προϋπολογισμού.

Σε περίπτωση διαφωνίας μεταξύ Συμβουλίου και Κοινοβουλίου, είναι δυνατόν να συσταθεί Επιτροπή Συνδιαλλαγής με καθήκον την επίτευξη συμφωνίας επί κοινού σχεδίου εντός διαστήματος 21 ημερών, που θα πρέπει να εγκριθεί και από τους δύο βραχίονες της αρμόδιας για τον προϋπολογισμό Αρχής. Εάν το Συμβούλιο απορρίψει το κοινό σχέδιο, το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο διατηρεί το δικαίωμα να εγκρίνει τον προϋπολογισμό.

Η Ευρωπαϊκή Επιτροπή είναι υπεύθυνη για την εκτέλεση του προϋπολογισμού. Ωστόσο, στην πράξη, σε ποσοστό 76% περίπου, ο προϋπολογισμός εκτελείται κατά την λεγόμενη «επιμερισμένη διαχείριση»[en], με τα κράτη-μέλη της ΕΕ ουσιαστικά να κατανέμουν τα κονδύλια και να διαχειρίζονται τις δαπάνες. Οι εθνικές κυβερνήσεις καθίστανται ως εκ τούτου εξίσου υπεύθυνες για την προστασία των δημοσιονομικών συμφερόντων της ΕΕ. Τούτο συνεπάγεται συνεργασία με την Ευρωπαϊκή Επιτροπή και την Ευρωπαϊκή Υπηρεσία Καταπολέμησης της Απάτης (OLAF).

Έλεγχο[en] στις δαπάνες των κρατών μελών ασκεί η Ευρωπαϊκή Επιτροπή, η οποία διατηρεί το δικαίωμα να ζητήσει την επιστροφή κονδυλίων, στην περίπτωση που εντοπιστούν παρατυπίες. Κάθε Γενική Διεύθυνση της Επιτροπής διαθέτει μονάδα εσωτερικού ελέγχου η οποία διασφαλίζει ότι οι διαδικασίες που ακολουθεί η ΓΔ είναι σύμφωνες με τους κανόνες.

Η Επιτροπή στο σύνολό της λογοδοτεί ετησίως στο Ελεγκτικό Συνέδριο της ΕΕ για τη διαχείριση των ευρωπαϊκών χρημάτων. Το Ελεγκτικό Συνέδριο διενεργεί ανεξάρτητο εξωτερικό έλεγχο των ετήσιων λογαριασμών και της διαχείρισης πόρων της ΕΕ, τα πορίσματα του οποίου καταλήγουν σε έκθεση που υποβάλλει στο Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο και το Συμβούλιο.

Όλα τα κράτη-μέλη συνεισφέρουν στον προϋπολογισμό της ΕΕ. Τα περισσότερα από αυτά (15 από τα 27 το 2012) λαμβάνουν περισσότερα χρήματα από όσα καταβάλλουν (καθαροί λήπτες) ενώ τα υπόλοιπα συνεισφέρουν περισσότερα χρήματα στην ΕΕ απ’ όσα λαμβάνουν πίσω ως χρηματοδότηση (καθαροί χορηγοί).

Μεταξύ 1981 και 2010, η Ελλάδα υπήρξε καθαρός λήπτης για τον προϋπολογισμό της ΕΕ, απολαμβάνοντας τα πλεονεκτήματα της ΕΕ μέσω εισροών ύψους άνω των 90 δισ. ευρώ, μη συμπεριλαμβανομένων των πρόσφατων δανείων που συνάπτονται για την υπέρβαση της κρίσης. Τα κονδύλια αυτά, τα οποία αντιστοιχούν κατά μέσο όρο στο 2,3% του ΑΕΠ της Ελλάδας, αποτέλεσαν σημαντικό μέσο για την αύξηση της ευημερίας των αστικών και αγροτικών περιοχών, των επενδύσεων, των ευκαιριών απασχόλησης και της αναπτυξιακής δραστηριότητας. Σημαντικά εθνικά έργα υποδομής, καθώς και άλλα μικρότερα έργα, υλοποιήθηκαν με τη χρήση πόρων της ΕΕ.